หลักสูตรปริญญาตรี

- หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาอิสลามศึกษา
- หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขากฎหมายอิสลาม
- หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาเศรษฐศาสตร์และการจัดการในอิสลาม
- หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาตะวันออกกลางศึกษา
- หลักสูตรศึกษาศาสตรบัณฑิต สาขาครุศาสตร์อิสลาม

หลักสูตรนานาชาติ

- หลักสูตรศิลปศาสตรบัณฑิต สาขาอิสลามศึกษา (หลักสูตรนานาขาติ)

หลักสูตรปริญญาโท

- หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาอิสลามศึกษา
แบ่งเป็น 5 กลุ่มวิชา 
1. กลุ่มวิชาครุศาสตร์อิสลาม 
2. กลุ่มวิชาประวัติศาสตร์และอารยธรรมอิสลาม 
3. กลุ่มวิชาชะรีอะหฺ 
4. กลุ่มวิชาอุศูลุดดีน
5. กลุ่มวิชามุสลิมศึกษา
- หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารและการจัดการการศึกษาอิสลาม

หลักสูตรปริญญาเอก

- หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาอิสลามศึกษา